「本当に神がいるなら、神はこの場所を去ってしまったに違いない……」──謎の未確認生命体「ベイビー」が人間の体に侵入し、人間を虐殺マシーンに変える。世界は終わってしまうのか？
西暦2043年12月1日、世界は「滅亡の日」を迎えた。大量の未確認生命体「ベイビー」に寄生された人間が虐殺マシーンに変異させられ、人類は滅亡の危機に瀕する。変異体の攻撃から生き残ったイー・レイサーは、左手をベイビーに侵入されるが、虐殺マシーンには変異しない。一年後、この謎を解くため、街を離れることにする。
一方、謎の少女、アイリスをシェルターに連れ戻す任務を命じられた捜索チームの3人は、人類の生存者を発見。そして安全な地下に戻ってくると、なんとそこには重傷を負ったイー・レイサーがいた！このとき、彼らのいる場所に虐殺マシーンが集まってくる……
彼らはこの危機にどう立ち向かうのか？ベイビーの出どころは何なのか？アイリスの正体が明らかになるともに、全ての真相が解き明かされていく。
